醫(yī)生通常能根據(jù)病人的年齡、病人或家長的訴說的癥狀，及檢查皮疹和潰瘍來鑒別手足口病和其他原因所致的口腔潰瘍。可將咽拭子或糞便標本送至實驗室檢測病毒，但病毒檢測需要2-4周才能出結果，因此醫(yī)生通常不提出做此項檢查。依據(jù)流行病學資料、臨床表現(xiàn)、實驗室檢查、確診時須有病原學的檢查依據(jù)。

手足口病表現(xiàn)在皮膚和口腔上，但病毒會侵犯心、腦、腎等重要器官。本病流行時要加強對患者的臨床監(jiān)測，如出現(xiàn)高熱、白細胞不明原因增高而查不出其他感染灶時，就要警惕暴發(fā)性心肌炎的發(fā)生。近年發(fā)現(xiàn)EV71較CoxAl6所致手足口病有更多機會發(fā)生無菌性腦膜炎，其癥狀呈現(xiàn)為發(fā)燒、頭痛、頸部僵硬、嘔吐、易煩躁、睡眠不安穩(wěn)等;身體偶而可發(fā)現(xiàn)非特異性紅丘疹，甚至點狀出血點。合并有中樞神經系統(tǒng)癥狀的人，以2歲以內患兒多見。