多數(shù)沙眼根據(jù)乳頭、濾泡、上皮角膜炎、血管翳、角膜緣濾泡、Herbert小凹等特異性體征可以作出診斷。由于瞼結(jié)膜的乳頭增生和濾泡形成并非為沙眼所特有，因此早期沙眼的診斷在臨床病變尚不完全具備時較困難，有時只能診斷“疑似沙眼”，要確診須輔以實(shí)驗(yàn)室檢查。WHO要求診斷沙眼時至少符合下述標(biāo)準(zhǔn)中的2條：

1.上瞼結(jié)膜5個以上濾泡。

2. 典型的瞼結(jié)膜瘢痕。

3. 角膜緣濾泡或Herbet小凹。

4. 廣泛的角膜血管翳。

除了臨床表現(xiàn)，實(shí)驗(yàn)室檢查可以確定診斷。沙眼細(xì)胞學(xué)的典型特點(diǎn)是可檢出淋巴細(xì)胞、漿細(xì)胞和多形核白細(xì)胞，但細(xì)胞學(xué)檢查的假陽性率高。

結(jié)膜刮片后行Giemsa染色可顯示位于核周圍的蘭色或紅色細(xì)胞漿內(nèi)的包涵體。改良的Diff-Quik染色將檢測包涵體的時間縮短為幾分鐘。熒光標(biāo)記的單克隆抗體試劑盒檢測細(xì)胞刮片衣原體抗原、酶聯(lián)免疫測定、聚合酶鏈反應(yīng)都有高度敏感和高特異性，但要求操作者較熟練的掌握操作技術(shù)，花費(fèi)也昂貴。

沙眼衣原體培養(yǎng)需要放射線照射或細(xì)胞穩(wěn)定劑(如放線菌酮)預(yù)處理，通常在生長48～72小時后用碘染色單層細(xì)胞，或通過特殊的抗衣原體單克隆抗體檢測，是重要的實(shí)驗(yàn)室檢查，但技術(shù)要求高，不能廣泛應(yīng)用。