流膿是主要癥狀，膿液多少與瘺管長短，多少有關(guān)，新生瘺管流膿較多，分泌物刺激皮膚而瘙癢不適，當(dāng)外口阻塞或假性愈合，瘺管內(nèi)膿液積存，局部腫脹疼痛，甚至發(fā)熱，以后封閉的瘺口破潰，癥狀方始消失。由于引流不暢，膿腫反復(fù)發(fā)作，也可潰破出現(xiàn)多個外口。較大較高位的肛瘺，常有糞便或氣體從外口排出。檢查時外口常為一乳頭狀突起或是肉芽組織的隆起，擠壓有少量膿液排出，多為單一外口，在肛門附近。也有多個外口，外口之間皮下瘺管相通，皮膚發(fā)硬并萎縮。也有多個外口位于兩側(cè)，瘺管成“馬蹄形”，直腸指診在病變區(qū)可觸及硬結(jié)或條索狀物，有觸痛，隨索狀物向上探索，有時可捫及內(nèi)口。若外口不整齊，不隆起，有潛行邊緣，肉芽灰白色或有干酪樣稀薄分泌物，應(yīng)懷疑為結(jié)核性肛瘺。

瘺外口流出少量膿性、血性、粘液性分泌物為主要癥狀。較大的高位肛瘺，因瘺管位于括約肌外，不受括約肌控制，常有糞便及氣體排出。由于分泌物的刺激，使肛門部潮濕、瘙癢，有時形成濕疹。當(dāng)外口愈合，瘺管中有膿腫形成時，可感到明顯疼痛，同時可伴有發(fā)熱、寒顫、乏力等全身感染癥狀，膿腫穿破或切開引流后.癥狀緩解。上述癥狀的反復(fù)發(fā)作是瘺管的臨床特點(diǎn)。